Enfoque Virtual

En estos últimos días estuve buscando la forma más adecuada de comunicar el lenguaje interpretado Python con R por motivos académicos. Encontré varias soluciones como el uso del paquete RSPhyton de R muy sencillo y fácil de entender desde el punto de vista de programación pero que me dio muchos errores de compilación así que opté por usar RPY2 otro paquete de R que a su ves esta inspirado en RSPython y nos permite también comunicar R con Python o viceversa.

Si tienes la misma intriga o sólo quieres probar como se comunican estos dos lenguajes  sigue los siguientes pasos:

Requerimientos:

Primero asegurarse que tienes instalado:

1. El lenguaje estadístico R.
2. El lenguaje interpretado Python versión 2.5 ó 2.6  (yo use la versión 2.6) .
3. Aptana Studio

Nota: Aptana no es necesario para realizar la comunicación de Python con R. Aptana Studio es un IDE muy robusta que me facilita muchas tareas de programación; si lo deseas puedes usar otra IDE para probar la conexión entre tus opciones tienes: usar la consola, después de instalar Python por supuesto ( el  comando es “python”),  si necesitas algo más avanzado desde la consola puedes instalar iPython o usar editores de texto como gedit o kate incluso vim o nano para crear tus archivos .py en fin tienes muchas opciones que no detallaré aquí.

Si por desgracia no tienes alguno de los requerimientos detallados arriba puedes instalar:

1. R siguiendo las instrucciones de este post.
2. Para instalar Python lo puedes hacer fácilmente desde Sinaptic si usas una distribución como Ubuntu ve a Sistema -> Administración -> Gestor de Paquetes Sinaptic y busca la versión de Python que deseas instalar.
3. Instalar Aptana Studio siguiendo las instrucciones de este otro post.

Instalación de paquetes de comunicación y plugins:

1.- Asegurate de tener la siguiente dirección APT en  /etc/apt/sources.list:

deb http://cran.cnr.berkeley.edu/bin/linux/ubuntu jaunty/

Nota: Si instalaste R siguiendo el post de instalar R ya debes de haberlo agregado.

2.-Abre la consola y ejecuta:

sudo apt-get install python-rpy

sudo apt-get install python-rpy2

Nota: Si falla por alguna razón la instación, el repositorio o usas otra distribución linux puedes hacerlo manualmente usando las instrucciones de instalación de esta página.

3.- Abre Aptana Studio y agrega el soporte para Python desde la pestaña de plugins y luego seleccionas instalar PyDev ( get it) y se instalará automáticamente.

4.- Una vez instalado PyDev crea un nuevo proyecto de Aptana en File -> Proyect -> PyDev luego coloca el nombre del proyecto y seleccionamos configurar el interprete -> auto-config.

5.- Para probar que Python y R se comunican copia y pega el siguiente archivo de Python en Aptana o en editor de texto y luego ejecútalo. En Aptana crea un archivo .py haciendo clic derecha sobre src luego new -> PyDev Module

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import rpy2.robjects as robjects

r = robjects.r

x = robjects.IntVector(range(10))
y = r.rnorm(10)

r.X11()

r.layout(r.matrix(robjects.IntVector([1,2,3,2]), nrow=2, ncol=2))
r.plot(r.runif(10), y, xlab=”runif”, ylab=”foo/bar”, col=”red”)

raw_input(2)

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Después de copiar pegar presiona Run

Con todos estos pasos ya terminamos la instalación y todo debería estar funsionando adecuadamente. Sólo queda leer la documentación de RPY2 para esto visita esta página. Si necesitas una solución alternativa puedes usar RSPython y seguir las instrucciones de este otro post muy interesante que te indica como hacerlo.